Cambios en la configuración de php para poder procesar 4000+ archivos

Tal como publiqué en el post "PHP en IIS", tuve que volver a cambiar las directivas de php.ini para poder procesar un número más grande de archivos. Tengo 4399 páginas html que requiero convertir en líneas únicas de texto dentro de un archivo plano.
Cambié las siguientes directivas en php.ini
max_execution_time = 480 (tenía 30, se mide en segundos)
max_input_time = 960
memory_limit = 256M (tenía 128)
Pero no funcionó. Si bien procesó más líneas, no terminó de procesar todos los archivos.
De manera que decidí utilizar PHP vía línea de comandos, de la siguiente manera:
C:\php-5.4.12\php.exe -f "c:/inetpub/wwwroot/tesis/conversion_command_line_v1.php"
y funcionó!